权力机构
学会的最高权力机构是全体会员代表大会，会员代表大会一般每五年召开一次，第十一次会员代表大会于2016年12月召开，以后每5年召开一次。
领导机构
１、荣誉理事长：万洪富、李定强、易干军
２、理事长：李芳柏
３、副理事长：肖植雄、骆浩文、李永涛、程炯、党志、何宏平、仇荣亮
４、秘书长：曾晓舵、杜建军
５、监 事：谢志宜
执行机构
理事会：由广州地区及地方高校、广州地区研究所和政府部门、相关企业、全省13个地市的农业及环保部门推荐，经会员代表大会选举产生。第11届理事会共有85位理事。
常务理事会：由理事长、副理事长、秘书长及主要支撑单位、高校、研究所政府部门和地市代表组成，经理事会选举产生，目前由27位常务理事组成。
工作机构及负责人
9个工作委员会：
（1）土壤环境与土壤污染工作委员会
主任：广东省生态环境技术研究所刘承帅研究员
（2）土壤质量与地力提升工作委员会
主任：广东省耕地肥料总站耕地管理科张满红科长
（3）土壤养分与面源污染工作委员会
主任：广东省农业科学院资源环境研究所艾绍英副所长
（4）土壤地理与信息化工作委员会
主任：华南农业大学资源环境学院胡月明教授
（5）土壤矿物学与土壤化学工作委员会
主任：中国科学院广州地球化学研究所梁晓亮副研究员
（6）青年工作委员会
主任：华南理工大学石振清教授
（7）教育工作委员会
主任：中山大学环境科学与工程学院汤叶涛副院长/教授
（8）科普工作委员会
主任：仲恺农业工程学院刘雯副教授
（9）产业工作委员会
主任：广东省生态环境技术研究所刘传平研究员
办事机构
秘书长：曾晓舵 、杜建军
副秘书长：刘静、林碧珊、卢维盛、刘辉
学会办公室：
主任：刘静
主管：杨秀敏
会员情况
常务理事单位 ：20家
1、 广东省生态环境技术研究所
2、 广东省耕地肥料总站
3、 广东省农业科学院农业资源与环境研究所
4、 华南农业大学资源环境学院
5、 华南理工大学环境学院
6、 中山大学环境科学与工程学院
7、 中国科学院广州地球化学所
8、 仲恺农业工程学院
9、 暨南大学环境学院
10、 华南师范大学
11、 广州大学环境科学与工程学院
12、 韶关学院英东农业科学与工程学院
13、 中国科学院华南植物园
14、 环境保护部华南环境科学研究所
15、 广东省环境科学研究院、
16、 广州地理研究所
17、 广东省土地开发储备局（广东省国土资源厅不动产登记中心）
18、 广东省农业环保与农村能源总站
19、 佛山市铁人环保科技有限公司
20、 广东中科英海科技有限公司
理事会员单位：35家
1、 广东省现代农业装备研究所
2、 广东海洋大学化学与环境学院
3、 广东环境保护工程职业学院
4、 广州大学地理科学学院
5、 深圳市危险废物处理站有限公司
6、 清远市土壤肥料站
7、 清远市大丰果业有限公司
8、 惠州市环大亚湾新区管委会
9、 惠州市农业技术推广中心
10、 汕头市环境保护局
11、 汕头市农村能源与土壤肥料站
12、 中山市农产品质量监督检验所
13、 中山市环境保护局
14、 潮州市土壤肥料站
15、 东莞市环境保护监测站
16、 肇庆市农业局
17、 阳江市植保植检和种子土肥环保管理站
18、 梅州市农业局
19、 珠海市现代农业发展中心
20、 汕尾农业局种植业管理科
21、 茂名市农业局
22、 茂名市农业环境保护监测站
23、 佛山市环境保护局
24、 佛山市健地农业科技有限公司
25、 佛山金葵子植物营养有限公司
26、 佛山植宝化工有限公司
27、 广州市海珠区果之宝研究开发服务中心
28、 永清环保股份有限公司广州分公司
29、 西部环保广东环境科技有限公司
30、 广东大众农业科技股份有限公司
31、 广东万山土壤修复技术有限公司
32、 广东绿兴生物科技有限公司
33、 广州市粤鹏环保技术有限公司
34、 广州市瑞洋表面活性剂有限公司
35、 广州市中加环境检测技术有限公司